Se os cheques forem provenientes de venda, basta realizar uma venda normalmente, e, ao concluir o lançamento, escolher a forma de pagamento CHEQUE. Quando lançar as parcelas, no campo HISTÓRICO, basta informar os dados do cheque (vide imagem abaixo).

Se forem cheques avulsos, basta ir em FINANCEIRO, clicar em NOVO LANÇAMENTO. Escolha o valor, vencimento, modo lançamento cheque, receita, e no campo HISTÓRICO coloque os dados do cheque e salve o lançamento.